KIK teeb taotluse rahuldamise või rahuldamata jätmise otsuse 60 tööpäeva jooksul taotluse esitamisest arvates. Menetlusaeg pikeneb puuduste kõrvaldamiseks antud aja võrra.
Taotluse hindamine ja rahastamine koosneb järgmistest etappidest:
taotluse vastuvõtmine
taotluse ja taotleja vastavuse kontroll
taotluse sisuline hindamine
taotluse rahuldamise või rahuldamata jätmise otsuse tegemine
Taotlusi menetletakse nende laekumise järjekorras. Taotluse vastavust kontrollib KIKi projektikoordinaator, kes vajadusel saadab taotlejale puuduste kohta päringu ja annab parandamiseks tähtaja.
Puuduste parandamiseks antakse aega kuni kümme tööpäeva. Kui taotleja puudusi selle aja jooksul ei kõrvalda, siis taotlust ei rahuldata.
Vastavuse kontrolli läbinud taotlus suunatakse sisulisse hindamisse. Taotluse sisu hindavad eksperdid nii KIKist kui väljastpoolt.
KIK kontrollib rahastamisel „ei kahjusta oluliselt“ põhimõtte järgimist. Rahastatavad projektid ei tohi oluliselt kahjustada ühtegi kuuest keskkonnaeesmärgist:
kliimamuutuste leevendamine
kliimamuutustega kohanemine
vee- ja mereressursside kestlik kasutamine ja kaitse
ringmajandus, sealhulgas jäätmetekke vältimine ja jäätmete ringlussevõtt
saastuse vältimine ja tõrje
elurikkuse ja ökosüsteemide kaitse ja taastamine
KIK rahastab kõik nõuetele vastavad taotlused kuni vooru eelarve ammendumiseni. Nõuetele mittevastavus vormistatakse rahastamata jätmise otsusena.