Veemajanduse valdkonna projektidele on KIKist võimalik toetust saada kahest rahastusallikast: Ühtekuuluvusfondist ja keskkonnaprogrammist. Nii Ühtekuuluvusfondi kui ka keskkonnaprogrammi veemajanduse programmi toetuste andmise eesmärk on saavutada ja säilitada veekogude ja põhjavee hea seisund ning tagada nõuetele vastav joogivesi.
Keskkonnaprogrammist antakse nende eesmärkide saavutamiseks toetust veekogude tervendamiseks, jääkreostuse likvideerimiseks ning joogi- ja reoveekäitluse projektidele. Toetuse maksimaalne suurus projekti kohta on 1 000 000 eurot ilma käibemaksuta.
Ühtekuuluvusfondi toetus on suunatud suurtele (üle 1 miljoni euro) veemajanduse infrastruktuuriprojektidele. Lisaks toetatakse projekte, mille siht on likvideerida jääkreostust endistelt sõjaväe- ja tööstusaladelt ning projekte, mille eesmärk on parandada vooluveekogude seisundit.
Seega saab veemajanduse projektidele toetust taotleda mõlemast rahastusallikast. Õige allika valikul on määravaks projekti eeldatav maksumus. Keskkonnaprogrammist saab toetust taotleda igal aastal (üldjuhul kaks korda aastas), Ühtekuuluvusfondist 2007−2013 antavate toetuste puhul korraldatakse taotlusvoore rahaliste vahendite olemasolul perioodi lõpuni.
