Taotluste esitamise tähtaja lõppedes toimub KIKis kõigi laekunud taotluste vastavushindamine, kus kontrollitakse taotluste vastavust määruse tingimustele. Vastavalt määrusele on KIKil selleks aega maksimaalselt 30 kalendripäeva, peale mida annab KIK kõik taotlused hindamiseks üle Keskkonnaministeeriumile.
Keskkonnaministeeriumis moodustatakse taotluste hindamiseks valdkondlikud töörühmad, kes hindavad 8 nädala jooksul kõiki KIKi poolt vastavaks tunnistatud taotlusi. Hindamiskriteeriumid, millest töörühmad lähtuvad, on toodud keskkonnaministri määruse nr 13 teises peatükis. Taotlusi hinnatakse skaalal 0–4. Taotluse hindamisel antud maksimaalne koondhinne moodustub hindamiskriteeriumide alusel antud hinnete kaalutud keskmisest.
Hindamise lõppedes edastavad Keskkonnaministeerium ja KIK hindamistulemused koos rahastamise ettepanekuga KIKi nõukogule, kes teevad esitatud projektitaotluste rahuldamise või rahuldamata jätmise otsused.
NB! Taotluse esitamisest kuni rahastusotsuse saamiseni võib minna kuni 4-5 kuud!
Projektide rahastamise elutsükkel seadusloomest kuni projekti eluviimiseni on toodud allpool oleval joonisel.



