Jäätmete valdkonnas on KIKist võimalik toetusi saada kahest rahastusallikast: Ühtekuuluvusfond ja keskkonnaprogramm.
Keskkonnaprogrammi jäätmekäitluse programmi eesmärk on ohtlike jäätmete kogumissüsteemi arendamine tasemeni, mis haaraks kõik maakonnad ja kohalikud omavalitsused, jäätmete liigitikogumise ja taaskasutuse infrastruktuuri arendamine ning jäätmetest põhjustatud keskkonna saastamise vältimine ja vähendamine tänapäevaste jäätmekäitluspõhimõtete rakendamise kaudu. Programmi eesmärk on ka vähendada lagunenud ja kasutusest väljalangenud põllumajandus-, tööstus- või militaarehitistest põhjustatud keskkonnariske või negatiivset mõju keskkonnale, maastikule ja inimese tervisele.
Ühtekuuluvusfondi toetus on suunatud tavajäätmeprügilate sulgemisele, jäätmekäitluskeskuste võrgu laiendamisele, jäätmete taaskasutuse suurendamisele, põlevkivitööstuse prügilate ja jäätmehoidlate sulgemisele ning tuhaärastussüsteemi uuendamisele.
Mõnel juhul kahest rahastusallikast toetatavad eesmärgid kattuvad ning siis saab tegevuste toetamisel määravaks projekti maksumus – pisemad projektid saavad toetust taotleda keskkonnaprogrammist, suuremad Ühtekuuluvusfondist. Keskkonnaprogrammist saab toetust taotleda igal aastal (üldjuhul kaks korda aastas), Ühtekuuluvusfondi toetuste puhul toimuvad taotlusvoorud sõltuvalt veel kasutada olevatest vahenditest (enamuse toetatavate tegevuste puhul käesolevas eelarveperioodis 2007-2013 ühtegi vooru enam ette näha ei ole, sest toetusteks plaanitud vahendid on juba projektidele eraldatud). Hetkel on avatud ainult nõuetele mittevastavate tavajäätmeprügilate sulgemise taotlusevoor.
Lisaks vahendab KIK Ühtekuuluvusfondi toetusi riigi jaoks olulisteks investeeringuteks. Sel juhul avatud taotlemist ei toimu, kuna toetuse saaja on valitsuse poolt kinnitatud investeeringute kavas kindlaks määratud. Need toetused on suunatud põlevkivitööstuse ja –energeetika jäätmete projektidele.
